7 августа 2016 года Международный паралимпийский комитет исключил Паралимпийский комитет России из числа своих членов — глава МПК Филип Крэйвен объявил: «Исполком МПК принял решение отстранить Паралимпийский комитет России немедленно. Это означает, что Паралимпийский комитет России теряет все свои права и полномочия в плане членства в МПК».
Основанием стал доклад независимой комиссии Ричарда Макларена, утверждавший, что применение допинга поощрялось в России на государственном уровне. Документ указывал на подмену 35 положительных допинг-проб российских паралимпийцев в период с 2012 по 2015 год. Президент МПК заявил прямо: «Государственная система использования допинга существует в России. К сожалению, такая программа распространяется и на российский паралимпийский спорт. Антидопинговая система в России сломана, не действует и полностью скомпрометирована».
На Паралимпиаду должны были поехать 267 российских спортсменов — большинство из них никогда не имели отношения к допинговым пробам, упомянутым в докладе. В Паралимпийском комитете России указывали: те самые 35 человек изначально не планировались к отправке в Рио. МПК объяснял жёсткость решения необходимостью коллективной ответственности — чистые спортсмены, по формулировке комитета, стали «жертвами собственного государства».
Апелляция результата не принесла. 23 августа Спортивный арбитражный суд отклонил жалобу Паралимпийского комитета России, оставив запрет в силе. 8 и 9 сентября в Подмосковье прошли альтернативные Всероссийские соревнования по паралимпийским видам спорта — выступили 266 спортсменов, не попавших в Рио.
На предыдущей летней Паралимпиаде 2012 года сборная России заняла второе место в общем зачёте с 102 медалями. Российские спортсмены, готовившиеся к Рио годами, узнали о собственном отстранении за месяц до открытия Игр — без права выступить даже под нейтральным флагом.