4 июня 2014 года Владимир Путин подписал поправки к закону «О некоммерческих организациях», дающие Министерству юстиции право самостоятельно включать НКО в реестр «иностранных агентов» — без согласия самой организации. Это стало принципиальным изменением механизма, заложенного законом 2012 года.
Первоначальная версия закона, принятая в 2012 году, предусматривала фактически добровольный порядок: НКО, подпадавшие под критерии «иностранного агента» — получение средств из-за рубежа и занятие «политической деятельностью», — должны были сами подавать заявление о включении себя в реестр Минюста. За более чем год действия этой нормы в реестр добровольно вошла лишь одна организация. Закон, задуманный как инструмент контроля, фактически не работал.
Поправки 4 июня устранили эту проблему административным путём — теперь решение о статусе организации принимал сам Минюст, минуя её согласие. Закон сохранял за НКО право обжаловать включение в реестр в судебном порядке.
Эффект почувствовался незамедлительно. Глава одной из НКО отмечала: после принятия закона в 2012 году в течение двух лет организации не испытывали серьёзного беспокойства, поскольку механизм не применялся. Когда же в 2014 году Минюст начал активно использовать новые полномочия и побуждать НКО регистрироваться принудительно, реакция организаций оказалась разной — одни отказались от иностранного финансирования, другие закрылись и открылись под новым именем, третьи начали добиваться исключения из реестра через суд.
Венецианская комиссия Совета Европы в июне того же года жёстко раскритиковала российское законодательство об НКО, отметив, что закон об «иностранных агентах» в сочетании с законами о госизмене и шпионаже взаимно усиливают негативное воздействие на свободу объединения и выражения мнений в России.
Закон 2012 года дал государству право клеймить — закон 2014 года дал ему возможность делать это без чьего-либо разрешения.