27 сентября 2013 года Владимир Путин подписал закон «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» — несмотря на многочисленные протестные акции учёных, обращения в органы власти, голодовку доктора геолого-минералогических наук Бориса Гонгальского и 121 865 подписей против закона, собранных профсоюзом РАН. Госдума приняла окончательную версию документа сразу во втором и третьем чтениях 18 сентября, Совет Федерации одобрил его 25 сентября.
Законопроект появился неожиданно — в нарушение обычной процедуры общественного обсуждения он был сразу внесён в Госдуму, застигнув врасплох даже руководство самой Академии. Первоначальный вариант, принятый летом во втором чтении, предполагал прямую ликвидацию РАН, а также Академий медицинских и сельскохозяйственных наук.
В знак протеста ряд членов академии 1 июля 2013 года подписали письмо об отказе войти в новую академию наук — это положило начало неформальному объединению, получившему известность как «Клуб 1 июля». Протесты продолжались всё лето и осень — митинги молодых учёных, несанкционированные акции у Госдумы, «протестные гуляния».
Под давлением научного сообщества документ был частично смягчён. Вместо ликвидации академий медицинских и сельскохозяйственных наук закон предусмотрел их присоединение к РАН. Но главное требование реформаторов осталось в силе: руководству РАН удалось отстоять часть поправок, однако вместе с управлением имуществом Академия была лишена главного — сети подведомственных научных институтов. Управление институтами передавалось специально создаваемому агентству по управлению организациями Российской академии наук.
К концу 2013 года массовые протестные акции учёных прекратились, хотя оценка реформы оставалась предметом споров годами.
Академия сохранила своё имя, своих членов и право заниматься фундаментальной наукой на бумаге — но перестала быть хозяйкой собственных институтов, лабораторий и зданий, которыми руководила почти три столетия.