В начале 2013 года фонд «Сколково» оказался в центре крупного коррупционного скандала. В феврале было возбуждено уголовное дело против экс-главы финансового департамента Кирилла Луговцева и гендиректора таможенно-финансовой компании «Сколково» Владимира Хохлова — по версии следствия, они незаконно потратили почти 24 миллиона рублей бюджетных средств на аренду недвижимости.
Фонд «Сколково» был создан по инициативе Дмитрия Медведева в конце 2009 года — рабочую группу возглавил Владислав Сурков, объяснявший, что проект должен стать российским аналогом американской Кремниевой долины.
В середине апреля следователи провели обыски в самом фонде — выяснилось, что 3,5 миллиарда рублей, выделенных «Сколково» из федерального бюджета, длительное время хранились на депозитах Меткомбанка, аффилированного с президентом фонда Виктором Вексельбергом. На следующий день после обысков СК возбудил дело о растрате в отношении старшего вице-президента фонда Алексея Бельтюкова — по версии следствия, он незаконно передал депутату Госдумы Илье Пономарёву 750 тысяч долларов средств фонда за прочитанный тем курс лекций.
Скандал получил неожиданное политическое измерение. Дело возбудили на фоне «войны компроматов» между Пономарёвым и Жириновским, а вице-премьер Владислав Сурков публично заявил, что некие политические силы дискредитируют проект «Сколково». Источник в самом фонде прямо связал последовательность событий — заявления Следственного комитета, Суркова и Жириновского — намекая на заказной характер дела.
8 мая Путин подписал указ об отставке Суркова с поста вице-премьера — формально по собственному желанию, неофициально пресс-секретарь президента связал её с недоработками при исполнении майских указов. Сам Сурков вскоре получил новую должность, курирующую отношения с Абхазией и Южной Осетией — далеко от технопарка, который он создавал.
Осенью Генпрокуратура нашла новые масштабные нарушения: инноцентр строился без оформленных прав на землю, за консультационные услуги переплатили 400 миллионов рублей, а свыше двух миллиардов рублей из выделенных грантов потратили не на науку. Сами Вексельберг и Сурков признали справедливыми до 90% претензий Счётной палаты.
Проект, задуманный как витрина российской инновационной экономики, открыл год не прорывными технологиями, а серией обысков и уголовных дел — витрина оказалась плотно облеплена коррупционными скандалами задолго до того, как успела предъявить миру хоть один громкий технологический результат.