К 2002 году Панкисское ущелье на северо-востоке Грузии превратилось в неконтролируемую территорию. Тысячи чеченских беженцев, боевики полевого командира Руслана Г. и десятки иностранных наёмников нашли там укрытие после начала контртеррористической операции в Чечне.
Москва обвиняла Тбилиси в бездействии: через ущелье, по данным российской стороны, боевики и оружие свободно проникали на территорию России. Летом там же скрывался иорданский террорист Абу М., планировавший через Панкиси перебраться к отрядам «Аль-Каиды» в Чечне.
11 сентября 2002 года президент Владимир Путин фактически предъявил Грузии ультиматум: либо Тбилиси самостоятельно очищает ущелье от боевиков, либо Россия сделает это на грузинской территории без согласия властей. Одновременно США, стремясь укрепить влияние в регионе, в мае того же года запустили программу «Обучение и оснащение» стоимостью 64 миллиона долларов — американские инструкторы начали готовить грузинские батальоны.
В августе Тбилиси провёл собственную военную операцию в ущелье, после которой президент Эдуард Шеварднадзе заявил об изгнании боевиков — по разным оценкам, вытеснили до 800 чеченцев и около 100 арабских наёмников.
Одно и то же ущелье стало причиной сближения Тбилиси с Вашингтоном и поводом для нового витка недоверия между Москвой и Грузией.